深圳公司进行零申报的操作流程如下：
准备申报资料
身份证原件及复印件；
营业执照副本原件及复印件；
税务登记证原件及复印件；
银行开户许可证原件及复印件；
公司章程；
其他可能需要的资料。
登录电子税务局
访问深圳市税务局官方网站；
点击“电子税务局”或“网上办税”等相关链接进入网上报税系统。
选择申报税种
在网上报税系统中，点击“上传报表”菜单；
选择“申报表”分类；
根据公司实际情况选择“增值税”或“企业所得税”等税种。
填写申报表
增值税申报表：小规模纳税人填写时应纳税收入为0，一般纳税人当期无销项税额；
企业所得税申报表：选择相应的申报表（A类、B类、C类），填写收入、成本、费用等各项指标，计算应纳税所得额，并选择适用的税收优惠政策。
提交申报表
填写完毕后，点击“提交”按钮，将申报表提交给税务机关；
系统会提示申报成功，此时纳税人已完成零申报操作。
个税零申报
流程与上述公司零申报操作相同，首先需要登录深圳市电子税务局；
选择申报个税。
注意事项
零申报并不意味着公司不存在税务问题，仍需按时提交申报材料；
若公司实际情况有变化，应及时更新申报信息。
建议：
建议在申报前仔细检查所有资料是否准确无误，避免因资料错误导致申报失败；
若公司有任何实际业务发生，应及时进行正常的税务申报，避免长期零申报引起税务机关关注。